Результатами голосования недовольны либерал-демократы и коммунисты. Но избирательная комиссия признала выборы законными и состоявшимися.
16 сентября в Амурской области подписали итоговый протокол о досрочных выборах губернатора. С этого момента Александр Козлов, ранее находившийся в должности врио главы области, официально считается новым губернатором Приамурья.

Сообщения о нарушениях, поступивших 13 и 14 сентября, проанализировали в Избиркоме Иркутской области. Явку студентов первого курса решили обеспечить на выборы губернатора Приангарья в одном из вузов Иркутска. Руководитель учебного заведения собрал со студентов открепительные и выдавал их в день выборов лично в руки. Сообщение об этом нарушении поступило в Избирком Приангарья в день выборов 13 сентября от представителей КПРФ. Также в день выборов представитель кандидата от "Единой России" пожаловалась на публикацию опроса с нарушением закона. На следующий день, 14 сентября, член ТИК Эхирит-Булагатского района попросил отменить решение комиссии в связи с возможным нарушением избирательного законодательства. Всего за два дня в Облизбирком поступило три жалобы.

В Пожарском районе провели пересчет голосов, в результате которого партия не проходит в районную думу. Партию "Родина", по итогам предварительных итогов голосования набравшую 5,46% голосов на выборах в Думу Пожарского района, "лишили победы". По заявлению секретаря местного политсовета "Единой России", Территориальная избирательная комиссия провела пересчет голосов по селу Емельяновка. Результаты голосования по этой территории накануне было решено аннулировать, вследствие чего изменились итоговые цифры – с результатом в 4,9% партия "Родина" теперь не получит мандат в районной думе.

КПРФ намерена обжаловать в суде результаты выборов в гордуму Ульяновска, сообщается на сайте регионального отделения партии. Коммунисты заявили, что чиновники областной и городской администраций «не стесняясь, использовали свое служебное положение с целью противозаконного воздействия на волеизъявление граждан»: на предприятиях и учреждениях проводились агитационные мероприятия в пользу «Единой России», от сотрудников требовали предоставить списки сторонников правящей партии, досрочно проголосовать.

На выборах в Красноярском крае многие избиратели проголосовали против всех кандидатов. Больше всего голосов эта графа набрала в Канске и Ачинске (около 9 %), а также в Бородино, Енисейске и Лесосибирске (более 8 %), меньше всего – в Боготоле (5,3 %).